注文住宅では、住宅用の土地を購入して、その土地の上に建築士などが設計した住宅を建設しますが、この一連の流れの中ではいくつかの税金を納付しなければなりません。注文住宅の建設時にかかる税金の中で最も納付額が多額になる可能性が高いのは不動産取得税です。この税は、地方税法の中で定められている不動産の取得に対して課される税で、注文住宅用の土地の取得と住宅の取得で別々に課税されます。不動産取得税は不動産登記を完了してから半年から1年程度経過した時期に送付されてくる納税通知書の内容にしたがって納付することになっていますが、特例の適用を受ける場合は納税通知書が送られてくる前に手続きを行う必要があります。

また、注文住宅を手に入れる場合は完成までの間に、土地の売買契約や、建物の建築請負契約、ローンの金銭消費貸借契約など、いくつかの契約を結びますが、この契約時に発行される契約書の多くが印紙税の課税文書に指定されています。納付額は課税文書の種類によって異なっており、不動産取引の場合では契約書に記載されている金額が課税標準となっていることが多いです。注文住宅が完成したら、建物表題登記や所有権保存登記、抵当権設定登記などの手続きを行う必要がありますが、このときには建物表題登記以外の登記手続きに対して登録免許税が課されます。建物表題登記は無税となっていますが、その代わり登記手続きを行う土地家屋調査士に報酬を支払う必要があります。

そして、住宅建設時においても課税されるのが消費税で、土地や建物の工事費用やローンの融資手数料、司法書士報酬など、一連の過程の中で発生する支払いの多くに消費税相当額が上乗せされます。